La chiesa parrocchiale, di stile tardo romanico, è a pianta longitudinale; è costituita da un’unica navata centrale, che si attesta all’altezza del presbiterio, dove si incrocia con una navata trasversale, il transetto, e forma con esso una sorta di tau ( T ), simboleggiante la croce. Nel presbiterio risalta solenne l’altare maggiore di marmi policromi ed intarsiati, risalente al 1821 e fatto costruire dal sacerdote Vincenzo Milano, parroco a Sant’Agapito dal 1803 al 1837. Tale altare è sovrastato dall’ottocentesca statua di S. Nicola di Bari, opera fatta realizzare dal parroco Milano. La navata centrale, invece, è arricchita dagli stucchi ornamentali delle nicchie dei santi protettori: l’Immacolata ( XX sec.), la Madonna del Carmine (sec XIX), San Michele Arcangelo , S. Antonio di Padova (fin. Sec. XIX), S.Agapito (Sec. XVIII) e S.Rocco (sec.XIX). A destra dell’altare maggiore, nell’estremità del transetto è stata adibita la cappella della Vergine Addolorata e del Cristo morto, qui posti dopo il restauro della chiesa ad opera della Soprintendenza Archeologica di Campobasso nel 1990. Nell’altra estremità del transetto, vi è, invece, la seconda porta di uscita della chiesa, affiancata al campanile, recante un antico e particolare quadrante d’orologio in pietra. Con il restauro, resosi necessario a seguito del terremoto avutosi nel 1980, la chiesa è stata riportata alla bellezza semplice ed artistica degli stucchi decorativi ravvivati dall’ottone dei tre lampadari che illuminano la navata centrale. La chiesa con il suo stile tardo romanico si impone nel centro storico , raccogliendo intorno a sé le case solcate dai vicoletti, caratteristici e suggestivi con i loro archi.
