Il comune prende il nome da quello di una chiesa che formò il primitivo nucleo dell’abitato, dedicata appunto a Sant’Agapito. Il nome, nei secoli, è cambiato varie volte, passando da Sanctum Agapitum a Santa Capiata nel 1516 e poi “Scapita”. Il culto verso Sant’Agapito fu portato dai monaci benedettini che gli eressero anche una chiesa. Alla fine dell’800, presso i ruderi della suddetta chiesa, fu rinvenuto un busto ligneo raffigurante il santo intorno al cui ritrovamento è nata una leggenda.
Sant’Agapito, piccolo paese poco distante da Isernia è la porta del Matese. Passeggiando tra i vicoli si può ancora ascoltare il suono ritmico prodotto dal roteare dei “piombini”, guidati dalle abili mani di esperte signore intente alla lavorazione del merletto a tombolo.
I dintorni, ricchi di vegetazione, sono immersi nell’area naturale del Torrente Lorda e offrono la possibilità di affascinanti escursioni naturalistiche.